Grégoire de Nysse (env. 335-394) n'a pas écrit de commentaire suivi de l'Evangile de jean, mais dans sa polémique contre Eunome qui nie la divinité du Fils, il abonde en petits aperçus fulgurants sur le Prologue de jean. Le «commencement» du premier verset, selon lui, c'est le Père. «Au commencement était le Verbe» signifie donc que, depuis toujours, le Fils est dans le Père. Et Grégoire explique, à sa manière spéculative et spirituelle, pourquoi jean n'a voulu mentionner ici ni le Père ni le Fils. D'autres perles de ce genre sont à recueillir partout, lorsqu'on lit attentivement sa controverse contre l'arianisme finissant.
